Emílio Rui Vilar nasceu no Porto a 17 de maio de 1939.
Licenciado em Direito pela Universidade de Coimbra em 1961, é, desde o dia 3 de maio 2012, administrador não executivo da Fundação Gulbenkian.
Foi Presidente do Conselho de Administração da Fundação Calouste Gulbenkian desde 2 de maio de 2002 até 2 de maio de 2012, tendo sido administrador desde 1996.
Assegurou a Presidência do Centro Europeu de Fundações (EFC), de junho de 2008 a maio de 2011, tendo presidido também ao Centro Português de Fundações (2006-2012).
Desde 2013 é Presidente do Conselho Geral da Universidade de Coimbra.
No início dos anos setenta faz parte do grupo de cidadãos que viria a fundar a SEDES, de que foi o primeiro presidente. A sua carreira política começa em 1974 como Secretário de Estado do Comércio Externo e Turismo do I Governo Provisório. No mesmo ano é-lhe confiada a tutela do ministério da Economia dos II e III Governos Provisórios (1974/75). Foi eleito Deputado em 1976. Entre 1976 e 1978, foi Ministro dos Transportes e Comunicações do I Governo Constitucional e, entre 1986 e 1989, Diretor-geral da Comissão das Comunidades Europeias, em Bruxelas.
Como gestor, foi Vice-Governador do Banco de Portugal, entre 1975 e 1984, Presidente do Conselho de Gestão do Banco Espírito Santo e Comercial de Lisboa (1985/86). Foi Presidente do Conselho de Administração da Caixa Geral de Depósitos (1989-1995), presidiu ao Grupo Europeu dos Bancos de Poupança (1991-94) e foi Presidente do Conselho de Administração da Galp Energia, entre 2001 e 2002.
Emílio Rui Vilar presidiu à Comissão de Fiscalização do Teatro Nacional de São Carlos (1980-86) e foi Comissário-Geral para a Europália, entre 1989 e 1992. Entre 1989 e 1990, foi Vice-Presidente da Fundação de Serralves. Foi Administrador da Porto 2001, SA, em 1999.