Filipe Almeida é atualmente Presidente da Estrutura de Missão Portugal Inovação Social, a entidade que assegura a coordenação e gestão da iniciativa pública Portugal Inovação Social, programa pioneiro na Europa que mobiliza cerca de 150 milhões de euros de fundos da União Europeia para promover a inovação e o empreendedorismo social e dinamizar o mercado de investimento social em Portugal.
É também docente da Faculdade de Economia da Universidade de Coimbra (FEUC) e investigador do Centro de Estudos Sociais (CES/FEUC) e do Centro de Estudos Cooperativos e da Economia Social (CECES/FEUC). Foi subdiretor da FEUC, coordenador de mestrado e de relações internacionais, e membro eleito do seu Conselho Científico.
Tem doutoramento em Administração pela EBAPE/FGV (Escola Brasileira de Administração Pública e de Empresas da Fundação Getúlio Vargas, Rio de Janeiro, Brasil) e doutoramento em Gestão de Empresas pela FEUC.
É também mestre em Ciências Empresariais pela FEUC, tendo frequentado o programa de MBA na Virginia Polytechnic Institute and State University (EUA).
É autor e coautor de artigos e de livros nos campos da ética e do comportamento humano, entre os quais se destacam os livros “Ética, Valores Humanos e Responsabilidade Social das Empresas” (Princípia, 2010), “A Fraude Académica no Ensino Superior em Portugal. Um estudo sobre a ética dos alunos portugueses” (IUC, 2015) e “Introdução à Gestão de Organizações” (Escolar Editora, 2016).